で、本題。

.htaccess は「/,  /app , /app/webroot 」の3箇所にあります。

とりあえず(1)のドメイン割り当てをしたと仮定して、以下太字部分を書き換えれば動きます。

/.htaccess

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

/app/.htaccess

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /app
RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

/app/webroot/.htaccess

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /app/webroot
RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

太字の部分を追加しただけですが、とりあえずコレで動いちゃいますので、うまくやってみましょう。

※ローカルのテストサーバーのhtaccessを書き換えると動かなくなることがありますので、

同期アップロードするときに.htaccessを対象から外す　とかやっておきましょう。