で、本題。
.htaccess は「/, /app , /app/webroot 」の3箇所にあります。
とりあえず(1)のドメイン割り当てをしたと仮定して、以下太字部分を書き換えれば動きます。
/.htaccess
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>
/app/.htaccess
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /app
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>
/app/webroot/.htaccess
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /app/webroot
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>
太字の部分を追加しただけですが、とりあえずコレで動いちゃいますので、うまくやってみましょう。
※ローカルのテストサーバーのhtaccessを書き換えると動かなくなることがありますので、
同期アップロードするときに.htaccessを対象から外す とかやっておきましょう。